棉花枯萎病是一种真菌病害，由尖孢镰刀菌萎蔫专化型引起，属半知菌类。最早于1891年发现于美国，现已成为世界性病害。目前，我国各大棉区已普遍发生。
棉花枯萎病从子叶期开始就可发病，病株矮小，蕾铃脱落率高，单株结铃数下降，铃重减轻，棉纤维强度下降，从而影响棉花产量和品质。病害严重的1—2片真叶时即可造成死苗。现蕾期发病高峰时可成片死苗。其症状随环境条件、棉花品种类型、棉花生育期、病原致病力等因素的不同而异。大致可分为5种类型：
(1)黄色网纹型其典型症状是叶脉导管受枯萎病菌毒素侵害后呈现黄色，而叶肉仍保持绿色，多发生于子叶和前期真叶。(2)黄化型一般从子叶或真叶边缘开始，叶肉褪色变黄。(3)紫红型一般在早春气温低时发生，子叶或真叶的局部或全部呈现紫红色病斑，严重时叶片脱落。(4)青枯型病株在突然失水情况下出现的症状，尤其在干旱气候条件下，遇到骤雨，之后遇高温强日照，病株叶色深绿，叶片变软下垂，植株青枯死亡。(5)皱缩型叶色深绿，叶肉增厚，叶片皱缩，节间缩短，植株矮化，常与网纹型和黄化型症状并存。
棉花枯萎病和黄萎病的病原不同，但都作用于植株的维管束，侵染过程类似。在棉区不但有单一的枯萎病和黄萎病病田，还有许多两病混生病田，有时一株棉花还同时感染两种病害。枯萎病和黄萎病的主要区别是：
(1)发病时间枯萎病较黄萎病发病时间早，一般在子叶期就开始发病，发病盛期在苗期和蕾期;而黄萎病在3—4片真叶时开始发病，发病盛期在7—8月份的花铃期。(2)苗期症状枯萎病病株的子叶和真叶出现黄色网纹，局部枯焦，严重的造成死苗，在不正常气候条件下出现紫红型和青枯型症状;黄萎病病株叶片叶肉褪色呈灰色或浅黄色，叶片看上去像西瓜皮的颜色和斑纹，叶缘向上翻，落叶型菌系可造成大面积落叶。(3)中后期症状枯萎病病株节间缩短，植株矮小，顶端枯死或局部侧枝枯死，叶片出现黄色网纹和局部枯焦，雨季病部出现红色霉层;黄萎病一般不矮化，叶脉不变色，叶肉褪色使整叶呈西瓜皮状，叶缘枯焦，落叶型菌系可造成落叶光秆，一般下部先出现症状，向上发展，雨季病部出现白色霉层。(4)导管颜色剖秆检查，染枯萎病导管变色较深，呈黑褐色;染黄萎病变色较浅，呈褐色。
棉花枯萎病菌可在土壤中或棉株残体上进行腐生生活，又可在棉株内进行寄生生活。既能随运输工具远距离传播，又能随作业、流水近距离扩散，造成病菌在土壤中不断扩散和积累，加重发病率和为害程度。病菌可在土壤中存活6—7年，厚垣孢子存活甚至长达15年。病菌由棉苗根尖侵入棉株，在导管中大量繁殖的菌丝及棉株受病菌刺激产生的物质，阻碍水分运输;小型孢子随棉株体液向上扩散至全株，破坏棉株细胞，影响棉株生长发育。
