苗期病害种类和危害特点立枯病、炭疽病、红腐病等危害棉苗根部；黑斑病、轮纹斑病、疫病、褐斑病等危害叶部；茎枯病危害幼茎及生长点。这些病害在多雨、阴湿、低温或冷暖天气剧烈反复时最易发生，且往往是混合并发，轻则引起僵苗、病苗，重则导致烂芽、烂根、叶枯茎腐，缺苗断垄甚至成片死亡。
防治方法一是控制苗床水分和温度。营养钵棉苗出齐到子叶平展后，要在苗床两端揭膜通风降湿炼苗，并抢晴天晒床1~2天，晒到苗床表土发白、苗茎的1/3发红。坚持晴天揭膜通风，降温散湿，到下午5时要盖膜保温，如果遇到低温寒潮，应全天覆膜。二是加强田间管理。棉花移栽后要深中耕、勤中耕，以提高地温，降低土壤湿度，使土壤透气；阴雨天时，要开沟排渍，以利于根系发育，对出现的病苗、死苗应及时清除出田，集中处理，以减少田间病菌数量及传染机会。三是加强化学防治，以预防为主。齐苗后每隔10天喷1遍20%稻脚青600~800倍液或50%多菌灵500~800倍液，能很好地防治根病，喷施半量式波尔多液（1∶1∶200），能很好地防治叶病，防治叶病还可用甲基托布津、恶霉灵等。
