菠菜枯萎病菌主要随植株病残体在土壤中或种子上越夏、越冬。种子可带菌，未腐熟的粪肥也可带菌。病菌随雨水及灌溉水传播，从根部伤口或根尖直接侵入，侵入后可到达维管束。在维管束中，病菌产生有毒物质，堵塞导管，导致叶片萎黄枯死。高温多湿有利于发病；土温30摄氏度左右、土壤潮湿、肥料未充分腐熟、地下害虫多、线虫多易发病。
防治措施：1、避免连作；2、喷施蔬菜壮茎灵，可使植物杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。同时可提升抗灾害能力，减少农药化肥用量，降低残毒；3、采用高畦或起垄栽培，雨后及时排水、严禁大水浸灌；4、发现中心病株及时拔除，并及时给菠菜喷施生态保护剂新高脂膜，隔离病毒感染，提高抗自然灾害能力。
