苗期棉花主要病虫害是：杂草、棉花枯黄萎病、棉苗病、棉苗蚜、棉盲蝽象、棉铃虫、棉红蜘蛛等。
1、杂草可用10.8％盖草能30ml／亩，或6.9％威霸50ml／亩喷雾，或5％精克草能25ml／亩加水50kg均匀喷洒
2、苗病中耕松土，棉苗出土后遇雨要及时松土，破除板结，提高地温，减轻苗病的发生。发病初期，建议使用50%多菌灵.福美双可湿性粉剂，或70%代森锰锌可湿性粉剂，或70%甲基托布津可湿性粉剂等药剂800-1000倍液根茎部喷雾。防治苗期枯萎病可用20%乙酸铜稀释到800-1000倍灌根2次，间隔4天。
3、苗蚜、红蜘蛛、棉盲蝽
（1）农业措施间苗、定苗时，拔出病苗、虫苗，并将其带出田外集中处理，可推迟防治时期，
（2）药剂防治
当达到防治指标时选择具有触杀和内吸作用强的杀虫剂进行防治。棉蚜防治指标：棉苗三片真叶前卷叶株率达10％，或4片真叶后卷叶株率达20％时；棉红蜘蛛防治指标：单株虫量20头，棉盲蝽象防治指标：百株虫量10头。
建议使用20％吡虫啉可溶性液剂或36%啶虫咪4000-5000倍液喷雾防治棉苗蚜，同时可兼治红蜘蛛和盲蝽象。
4、地老虎当定苗前被害株达10％，定苗后被害株达5％时，幼虫3龄前，每亩用5％毒死蜱颗粒剂3kg，加适量细沙土混合均匀，撒于棉苗根基处或用50％辛硫磷1kg拌细砂土100kg，每亩撒毒土5－7kg防治；；如地老虎超过3龄，用90％晶体敌百虫1kg加麦麸或饼类100kg制成毒饵防治，每亩撒施2－3kg。
