在无公害苦瓜、丝瓜生产中，提倡施用有机肥，应尽量选用农家肥和商品肥料（腐植酸类有机肥料、微生物肥料、半有机肥料及含磷、钾钙硫的无机肥料）。原则上限制使用化肥，如果生产中有特殊需要，可在一定的限制条件下有限量地使用其中的部分化学合成肥料，但禁止使用硝态氮。化肥需要与有机肥配合使用，有机氮与无机氮的适宜比例为l：1，大约厩肥1000千克加尿素20千克。
此外，在无公害蔬菜生产中禁止使用有害的城市垃圾和污泥，菜田使用城市垃圾必须符合城镇垃圾应用控制标准值；医院的粪便垃圾和含有害物质的工业垃圾一律不得收集作生产无公害蔬菜的肥料。严禁在蔬菜作物上浇不腐熟的人粪尿、沼气肥水，人粪尿必须腐熟并达到无害化要求时才能用作追肥。制作堆肥时也必须经过高温发酵，以杀灭各种寄生虫卵和病原菌、杂草种子，去除有害有机酸和有害气体，使之达到无公害化卫生标准。
