再生水灌溉利用存在诸多的潜在风险，采取科学的管理措施可有效避免或降低再生水利用人体健康风险和生态风险。综合国内外的管理经验，再生水用于农业或绿地灌溉时，可综合考虑如下措施。
1、对于农业灌溉，应充分考虑再生水灌溉对于食物安全和土壤质量的影响，用户应依据实际情况选择合适的再生水灌溉系统、合理的灌溉量，采取管理策略防止再生水中的盐分在土壤中的累积与危害；再生水灌溉地区周边要建立一个缓冲区，其大小通常与再生水的处理水平和应用方式有关，美国环保署推荐在用于直接食用作物灌溉时，灌溉区要远离饮用水井15m以上，而在用于非直接食用作物灌溉时应离饮用水井90m以上，当以喷灌方式灌溉时，要远离公共可接触区30m以上；在使用再生水时应进行径流控制管理，用户应建立末端水回流设施以防止再生水外排，可采取缩短灌溉周期、增加灌溉频率的灌溉方式以减少地表径流；建立储存池以应对季节性变化，使其发挥储存、稳定水质、帮助出水水质达到国家灌溉用水水质标准等功能；根据作物的采摘时间及作物特性，合理规划再生水浇灌的起止时间，避免再生水中微量有害物质可能
进入作物而引起连锁反应。
2、对于绿化灌溉，应尽量安排在公众暴露少的时间段，以减少人群接触喷雾和气溶胶的机会，如选择在晚上22:00～次日06:00之间进行景观灌溉，可将公众与再生水的直接接触降到最低程度，如在其他时间段灌溉应人工控制确保再生水不接触公众，可在显著位置进行清晰的标识，以告知公众灌溉水为再生水并建议其保持一定距离；每日灌溉所需的再生水水量根据灌溉面积和预计的灌溉频率(受当地的土壤特征、气候条件和景观类型等因素的影响)确定；灌溉方式宜采用滴灌或微喷灌，采用普通喷灌方式时设置缓冲距离；同时应考虑对土壤和植物以及地下水的环境影响，尽可能延长灌溉周期，以刺激深层根系的生长、降低盐分影响，为地面维护和市民娱乐带来便利。