椒类蔬菜根腐病有多种，其发病时期和症状不同，治疗方法也不同。甜椒、辣椒上的根腐病除了镰孢根腐病、腐霉根腐病，近几年又发现了疫霉菌根腐病，这三种病害都是毁灭性病害，要加强防治。
腐霉根腐病主要发生在大棚秋茬和温室秋冬茬。大棚秋茬坐果后开始发生，温室秋冬茬种植后开始发生。初发病时仅大苗茎基部以及上下2至5厘米处呈水浸状，后边褐色至灰褐色或者暗褐色，湿度大时病部生有白色棉絮状霉层。
防治方法：土壤郁闭，湿度大容易诱发该病。高温高湿能够引起该病的迅速扩展。腐霉根腐病要以防为主，发病后可以选择药剂配方：恶甲水剂（精甲霜灵锰锌500倍）+适乐时进行灌根。
腐皮镰孢根腐病主要危害椒类蔬菜的根系和根茎以及地表以下茎基部，发病植株白天萎蔫，早晚恢复。拔出病株可见茎基部皮层呈水浸状，根皮淡褐色至深褐色，呈锈腐状，侧根基部变褐，皮层容易剥离露出木质部，病部维管束褐变，湿度大时可见略带粉红色的白色菌丝。
防治方法：防治该病，关键要以防为主。可以选择：适乐时+恶甲水剂，多福+恶霉灵+有机铜，这两个配方灌根治疗。
疫霉根腐病主要危害地表以下的主根和根茎部，造成植株萎蔫死亡。苗期染病，根茎部呈暗绿色水渍状猝倒或者软腐，造成地上部萎蔫死亡。种植后染病从茎基部或者上部2至6厘米出现环状扩展的褐色斑，后皮层呈锈褐色腐烂，病部以上枝叶迅速萎蔫凋萎，病部略缢缩，维管束不变色，与镰孢根腐病存在以下区别：
1、镰孢根腐病地下茎基部腐烂，缢缩不明显，疫霉菌根腐病呈水渍状缢缩明显。
2、疫霉菌根腐病导管不变褐色，镰孢根腐病导管变褐。
植株在种植后，该病菌主要危害新生根和根茎部，是典型的的土传病害，在高温条件下，土壤黏重，高湿持续时间长，能够造成该病害大发生。
防治方法：防治该病害也是主要依靠灌根解决，其中较好的药剂有25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液、甲霜铜、2.5%咯菌腈悬浮剂等。灌根时最好混掺甲壳素类生根剂，效果最佳。
