冬季种植的辣椒，根系容易受根腐病、青枯病、枯萎病、根线虫等地下病虫为害，造成烂根死苗或根系畸形肿大，丧失吸收功能。这些地下病虫都是在冬椒开花结椒最旺盛的时候发生的，会明显缩短采收期，减少产量。如果在种冬椒时注意施生物菌肥，利用生物菌肥中的有益菌抑制这些病虫的发生，就能够控制这些病虫为害，防止烂根死苗和根系畸型肿大，增强吸收功能，提高吸收能力，就能明显延长采收期，增加产量。
具体施法：在种植冬椒时，用生物菌肥做基肥，每亩80～100公斤，在整地时将生物菌肥均匀撒施在地面上，将泥土翻耕，使生物菌肥与泥土均匀接触，整理成畦，再种植椒苗。在冬椒生长发育期间，每15～20天根部施一次生物菌肥，连续施3～5次，每次每亩施生物菌肥50～60公斤，兑清水25～30倍后，均匀淋施在冬椒根部周围的土壤中，以肥液能够完全渗透入土壤中不外流为宜。在冬椒大量开花结椒时，结合培土，重施一次生物菌肥，每亩施150～200公斤，将生物菌肥均匀撒施在冬椒植株根部周围的土壤中，再培上一层厚约8～10厘米的泥土，将生物菌肥全部覆盖住即可。
