马铃薯生长后期病害主要有晚疫病、坏疽病、干腐病及软腐病等，做好后期三方面的管理对马铃薯增产增收有明显效果。
一、收获前一个月对马铃薯病害的有效控制，能增加鲜薯产量11.3%～27.8%，特别是晚熟品种增产效果尤为明显。
二、控制好病害能减轻窖藏期间多种病害发生，减少烂窖，减少种薯和块茎损失。
三、降低种薯带菌率及来年马铃薯多种病害的发生。具体措施分述如下：
1.中后期喷药防病：分别在9月上旬和中下旬，即收获前30天喷药两次，重点喷施茎秆和茎基部。可选用32.5%苯醚甲环唑·嘧菌酯悬浮液600～1000倍液、68%精甲霜·锰锌500～700倍液、2%噻霉酮水剂1500～2000倍液，69%安克—锰锌可湿性粉剂等药剂交替使用。
2.清除田间植株残体：收获前4～5天首先刈割植株地上部分，并彻底清除田外，焚烧或深埋，禁止在田间用马铃薯秸秆覆盖堆放的马铃薯块茎。
3.晾晒及挑选：收获时将伤病薯和虫蛀薯拣出，用作鲜食或送加工企业，待窖藏健薯避光晾晒至少1天以上，最好5天左右。
4.窖藏前种薯处理：用32.5%苯醚甲环唑·嘧菌酯悬浮液400～600倍液、68%精甲霜·锰锌400～700倍液、70%代森锰锌400～600倍液或克菌丹500～700倍液喷雾薯块表面(以喷湿、不流水为宜)，晾干入窖。
5.窖体消毒：种薯入窖前彻底打扫窖体，通风排湿，地面可撒生石灰或草木灰吸湿消毒，同时用84消毒液均匀喷洒窖壁及地面或百菌清烟雾剂熏蒸(最好用40%福尔马林50倍液、或每立方米用福尔马林10毫升+高锰酸钾7克闷窖48小时，或每立方米用硫磺粉3克熏蒸)，然后打开窖门，散去药味两天后种薯或薯块方可入窖。
6.加强薯窖管理：在贮藏初期，从入窖到11月底以降温散热为主，窖口通气孔要经常打开，做到白天大开，夜间小开或关闭，保持窖内温度在1℃～4℃。贮藏中期，12月至翌年2月主要防寒保温，经常检查窖温，控制温度1℃～4℃，相对湿度85%左右。贮藏末期，3～4月窖内以降温为主，保持温度1℃～4℃、相对湿度85%左右，同时注意避光以防止种薯变绿发芽。
