受涝棉花整株淹没3天以上或浸泡7天以上的，根系腐烂变黄，顶叶枯死，此类棉苗存活可能性极小，需改种。排出水后2～3天，每亩存活棉株在500株以上的应保留抢管，并间作套种大豆、玉米、芝麻等其他作物；每亩存活棉株不足500株的要及早改种换茬。棉花受灾后根系受损，主根及侧根变黄，根尖呈水渍状，应采取“抢排水、早松土、重施肥、防病虫、迟打顶、勤整枝”的抗逆应变措施。
清理田间沟系涝灾发生后立即清理田间沟系，抢时间排涝，加深畦沟和相应排水沟，尽快降低地下水位，降渍，保证棉花正常生长。同时要抓紧洗苗，把叶片、茎秆上的糊泥洗净，以恢复叶片正常的光合作用。
突击扶理棉株灾后棉花根系受损，棉株容易倒伏，应及时扶理，改善田间环境，减少蕾铃脱落。
及时松土壅根田间积水排除后一周内，应及时松土壅根，破除土壤表面板结层，增加土壤通透性，改善根系环境，促进根系恢复，同时要培小高垄，提高棉株抗倒伏能力。之后，要及时中耕松土，促进根系生长。
科学追恢复肥棉株受损较轻的，要及早重施花铃肥；受损较重的，先看苗施用恢复肥，一般每亩施尿素10公斤，然后适当推迟施用花铃肥，巧施盖顶肥，配合施用钾肥，提倡施用棉花配方专用肥、有机无机肥，做到开塘深施，快促猛攻，尽快使棉花转入增节增蕾开花结铃的高峰时期。
合理调整化控棉花受涝后，生长发育受阻，应适当减少化调用量或推迟化调时间，具体根据苗情而定。
适当推迟打顶受淹棉花大部分蕾铃脱落严重，生长高峰相对推迟，为了增加棉花顶部成铃，增结秋桃，打顶时间应比正常推迟5天左右。
加强病虫防治棉花受灾后生长发育受阻，蕾铃脱落加重，如再遭受病虫危害，产量损失将会更大。雨涝后棉花枯萎病、黄萎病、盲椿象等病虫害发生加重，应及时采取措施防范。目前应突出抓好以三代盲椿象为主的棉花病虫害防治总体战，切实做好三代棉铃虫的监测工作。
注重后期管理棉花发生涝渍灾害后生长发育推迟，后期管理更应加强，以充分利用棉花的自我调节能力，减少产量损失。在恢复生长期间，必须加强整枝工作，减少新生叶枝和赘芽，减少养分无效消耗，保证后期结铃有充足的营养基础。
