病虫害的有效防治是莲藕栽培成功的关键。但是，如果仅从防病虫、保产量二者关系来考虑，即使病虫防治了，莲藕的农药污染也已达到很严重的程度了。因此，生产无公害莲藕必须处理好防病虫、保产量、防污染三者的关系。为了达到此目的，必须重视以下主要环节：
（1）重视农药的选择。
生产A级绿色莲藕时：允许使用植物源杀虫剂、杀菌剂、拒避剂和增效剂，如除虫菊素、鱼藤根、烟草水、大蒜素、苦楝、川楝等；允许释放寄生性捕食性天敌动物，如赤眼蜂、瓢虫、捕食螨、各类天敌蜘蛛及昆虫病原线虫等；允许在害虫捕捉器中使用昆虫外激素如性信息素或其他动植物源引诱剂；允许使用矿物源乳剂和植物油乳剂；允许使用矿物源农药中硫制剂，铜制剂；允许有限度地使用活体微生物农药，如真菌制剂、细菌制剂、病毒抑制剂、放射菌、拮抗菌剂、昆虫病原线虫等；允许有限度地使用农用抗生素，如农抗120、井岗霉素等防治真菌病害，浏阳霉素防治螨类。禁止使用有机合成的化学杀虫剂、杀螨剂、杀菌剂、除草剂和植物生长调节剂；禁止使用生物源农药中混配有机合成农药的各种制剂。生产A级绿色莲藕时：严格禁止使用剧毒、高毒、高残留或者具有“三致”（致癌、致畸、致突变）的农药及各种遗传工程微生物制剂。
（2）严格使用方法。
在生产A级绿色莲藕时，如果生产上确属必需，允许生产基地有限度地作用部分有机合成化学农药（低毒农药或个别中等毒性农药），但必须严格控制农药用量、使用浓度、使用次数及最后一次施药距采收的间隔期，每种有机合成农药在一种作物的生长期内只允许使用一次。
（3）优先采用农业措施防治病虫害。
应从莲藕——病虫害等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施，创造不利于病虫害发生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫害所造成的损失。应优先采用农业措施，通过选用抗病抗虫品种，非化学药剂种子处理，培育壮苗，加强栽培管理，中耕除草，秋冬季深翻晒土，清洁田园，轮作倒茬，间、套作等一系列措施起到防病治虫的作用。还应利用灯光、色彩诱杀害虫、机械捕捉害虫、机械和人工除草等措施，防治病虫草害，既保证莲藕的高产优质，又不致于污染。
