微灌工程中灌水器堵塞的原因较为复杂，除较明确的单因素堵塞外，如细菌、藻类等堵塞，还包括物理、化学和生物因素综合作用形成的堵塞。下面详细描述一下这三种造成微灌灌水器堵塞的主要因素。
1、物理因素。物理堵塞主要包括无机和有机的悬浮颗粒堵塞，无机悬浮颗粒一般由泥沙、粉粒、黏粒等组成，有机悬浮颗粒主要包括塑料碎末、油污等，其他的还有浮游作物、藻类等水生作物以及浮游动物、蜗牛等水生动物。由这些物理因素造成的堵塞可通过系统的沉淀过滤处理解决。
2、化学因素。化学因素主要是指灌溉水中离子在外界条件下发生变化时，离子之间发生化学反应产生沉淀物对灌水器造成堵塞的因素。pH值是重要的因素之一，当pH值超过7.5的硬水，钙或镁可停留在过滤器、支管和灌水器中；当碳酸钙的饱和指标大于0.5切硬度大于300mg/L时，存在堵塞的危险。水中铁、硫化锰或金属氢氧化物的浓度较大时，这些铁、硫化锰或金属氢氧化物形成积垢停留在管道壁或灌水器流道上。当实施微灌施肥作业时，所使用化肥的一些成分可能与水中其他溶解物质发生反应形成沉淀堵塞。水温的升高会使碳酸钙的溶解度减小，也会引起水中二氧化碳的释放，生产碳酸钙并滞留在管壁上。对于这些化学因素造成的堵塞，需要在水体中加入相应的化学制剂进行处理。
3、生物因素。浮游作物是以单细胞集群或丝束状形式出现的。藻类对微灌系统最具破坏性的特点是在管道中、水中形成胶凝质和黏基质。这些基质被用于细菌粘质物的生长，并且能与悬浮物一起形成堆集，从而引起堵塞。藻类堵塞对过滤器和灌水器的破坏性很大，常常造成灌溉系统的瘫痪。细菌黏质物也是造成堵塞的一种生物因素，造成微灌系统堵塞的主要有硫黏质物、铁黏质物和其他未定义黏质物等。对于这些造成微灌系统灌水器堵塞的生物因素，除必要的沉淀过滤处理外，也要结合化学的方法综合治理，从而保证微灌系统的正常运行。
