多数菜农施用农药是凭自己多年的经验，而不是根据病虫害的发生和发展规律。大棚菜病害的防治完全不同于大田或果园病害防治。一是大棚栽培品种繁多，栽培方式多样，耕作制度复杂，病害种类多，危害重；二是温度高、湿度大，易发生；三是田间操作频繁，病害易传播；四是用药频繁，病菌易产生抗性；五是多鲜食，用药限制多。
对于各种瓜菜病害，不论是真菌性病害、细菌性病害、病毒性病害还是生理性病害，看见蔬菜叶、果稍有变化就喷施农药；对于各种瓜菜虫害，不管是由螨类还是蚜虫引起的，也不管所用之药能不能兼治其虫只要见虫就打。其实，每种病虫各有独特的习性与危害特点，如白粉病易侵害瓜菜幼嫩部分，黑斑病则易从下部叶片开始浸染，螨类多集结于瓜菜叶背部，吸取蔬菜汁液。大部分防治病虫害的药剂，专一性特别强，往往针对某一种或某一类病原物引起的病害，对其他病害则无效。所以在施用上一定要因病、因虫施药。
个别菜农见到棚室内有虫害，就会马上喷施农药来彻底消灭掉，其实完全没有必要。从经济学角度来讲，棚室内的害虫只要不超过防治指标就不应该防治，否则有可能会降低产出投入比的。
