一、与非茄科及十字花科蔬菜实行２年以上轮作。及时摘除病果，带出田外烧毁或深埋。培育壮苗，合理密植。雨季及时排水，避免田间积水。保护地栽培时要加强放风，防止湿度过高。
二、选用无病的茄子种子，在播种前用55℃温水浸种20分钟，杀灭种子上的细菌。
三、加强农业栽培生态管理技术措施，在晴天及时修整枝、叶，改善通风透光，调节湿度，并且及时剪除残存的果柄。加强大棚番茄的肥水管理技术，减少植株的生理开裂伤口等。
四、修剪的伤口可用50%多菌灵可湿性粉剂加72%农用链霉素悬浮剂用水调成糊状涂抹保护伤口，有效地防止病原侵染。
五、在软腐病发病初期，喷洒药剂防治，药剂可用：77%可杀得可湿性粉剂4000倍液、或72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液、或新植霉素4000-5000倍液、或2%多抗霉素800倍液、或47%加瑞农800倍和20%噻菌酮500倍液，每隔7天喷药1次，连续防治2-3次。
