大蒜根蛆主要以幼虫在叶鞘基部和鳞茎等部位损害。霉烂的蒜梗易吸引成虫，是大蒜根蛆大发生的重要条件。幼虫蛀入大蒜鳞茎取食蒜肉，损害不太严重时表皮完好，仅留钻蛀孔，损害严重时造成蒜头中空、糜烂，地上部叶片枯黄、萎蔫，甚至死亡。
在徐州等地，大蒜根蛆一年发生3代。越冬代成虫于3月下旬盛发，第一代幼虫4月上中旬盛发，5月中旬见蛹，5月下旬为第一代成虫羽化顶峰期。第二代幼虫6月上中旬盛发，6月下旬至9月下旬以蛹越夏，第二代成虫于9月底至10月初羽化。第三代幼虫发生顶峰期在10月上中旬，11月上旬幼虫延续化蛹越冬，次年春季（4月上中旬）开端羽化。
泥土的温度、湿度和酸碱度显然影响大蒜根蛆成虫活动和产卵。近年来春季温度偏高，大蒜根蛆越冬蛹羽化产卵提早，使损害时间延长，这也是近年来大蒜根蛆损害逐年加重的起因之一。大蒜根蛆幼虫喜湿润条件，湿润时经常上移至泥土表层活动，干旱时则潜入泥土深处取食根系损害。大水漫灌能够提高泥土湿度，抑制成虫产卵和幼虫活动。在条件许可时，能够使用大水浇灌的方法防治大蒜根蛆。增施有机肥会使泥土酸性加强，增长根蛆单雌产卵量，而施用草木灰能够提高泥土酸碱度，减少根蛆发生量，是防治大蒜根蛆的有效方法之一。
大蒜根蛆第一代幼虫损害大蒜最严重，是大蒜根蛆化学防治的主要目标。在大蒜根蛆幼虫发生始盛期，每亩用40％毒死蜱乳油800毫升，或40％辛硫磷乳油1000毫升，或5％杀铃脲悬浮剂400毫升，加水550公斤，沿大蒜行灌根，防治效果较好。
