绿菜花在无公害栽培过程中，主要发生的病虫害有黑腐病、霜霉病、菜青虫、小菜蛾、蚜虫等，主要防治措施如下：
1、物理防治：利用黄板诱杀蚜虫；银灰膜避蚜；利用黑光灯下设置糖醋液盆诱杀菜青虫、小菜蛾、地老虎等蛾类成虫；对地老虎等具有昼伏夜出习性的地下害虫，可在傍晚菜田行间撒施炒熟并拌有敌百虫的油渣或麦麸诱杀。
2、生物农药防治：菜青虫等鳞翅目害虫虫量少时，结合锄草人工清除，虫量大虫龄小时用苏云金杆菌（BT乳剂）500~1000倍液喷雾；或用1.8%阿维菌素3000倍液喷雾；或用青虫菌6号防治；或用1000倍复合川楝素杀虫剂、1000倍苦参素杀虫剂等植物源性杀虫剂稀释液喷雾防治。另外上述两种植物杀虫剂也兼杀蚜虫、小菜蛾。对绿菜花黑腐病，发病初期及时拔除病株，成株期发病可用72%农用链霉素4000倍液或30%DT悬浮液500~600倍液或21%春雷霉素可湿性粉剂1000倍液喷雾防治，每7~10天喷一次，连喷2~3次，另外在发病前和发病初期喷施植物动力2003营养液可减轻病害。对霜霉病，可在发现中心病株后用10%多抗霉素300~400倍液喷雾防治。
3、农业防治
(1)合理轮作：在种植绿菜花前后数茬最好种豆类或其它作物，而不是十字花科作物，这样既可预防一部分病菌的传播，也能错开害虫的高发期。
(2)冬前及定植前深翻土地，人工挑出虫蛹，减少生长期的虫害。
(3)选用饱满并最好是经过包衣的种子，定植时选用壮苗，尽量避免带病及残次幼苗，以防生长期发病。
(4)生长前期撒施草木灰，可减轻病虫害发生程度。
(5)选用抗病虫品种，合理密植，施足底肥。