有机肥俗称农家肥，是用动植物残体、排泄物、生物废物等物质，经无害化处理制成的全营养迟效性肥料。有机肥中不仅含有植物必需的大量元素和微量元素，还含有丰富的有机养分。具有改良土壤结构，培肥地力，增加产量，提高品质，提高肥料利用率的作用，是苦瓜生产中施用的主要肥料。
有机肥对苦瓜商品性的影响，主要表现在苦瓜果实的内在品质和外部性状方面。从品质方面来说，施用有机肥的苦瓜口味纯正，营养丰富，维生素含量高，不易受亚硝酸盐或其他有害物质污染，产品易达到无公害或绿色食品要求。从苦瓜外部性状方面来讲，由于有机肥养分比较全，苦瓜不易发生缺素症，苦瓜果实发育健壮，瓜条顺直、畸形瓜少，商品率高，商品性好。
