自然肥料包括农家肥、绿肥、农作物秸秆、腐殖酸等有机肥料，它们含有多种有机和无机营养成分和生物活性物质，对蔬菜品质产生良好的增质效应，也是我国传统农业的特点之一，也正是发展无公害蔬菜的主要肥料种类。
大量资料表明，禽粪和饼肥中三要素含量高，养分种类全，且养分比例变幅小，一般视为优质天然复合肥，用于瓜类、茄果类、根菜类蔬菜，不仅能提高产量，而且还极大地改善了品质。例如西瓜施用鸡粪、饼肥等，既能提高产量，又增加了糖分、Vc和可溶性固形物的含量。施用厩肥可降低多种蔬菜中硝酸盐的含量和提高Vc、Ca的含量，并防止病害有利贮藏。以腐熟的饼肥做基肥或追肥，均可明显提高叶菜类、瓜类、茄果类、根茎类蔬菜糖分和Vc含量。有机肥对蔬菜营养品质和外观品质的改善作用在于其对蔬菜作物具有养分平衡效应、生物活性物质和协调生长环境效应。但是，有机肥对蔬菜品质的负效应也不可忽视。例如城市垃圾肥中的重金属、人畜粪尿中的病原微生物污染问题。因此，在生产无公害蔬菜肥水管理中，应当有效地控制有机肥中的重金属等污染成分，对粪尿肥进行无害化处理，尽量减少或禁止劣质有机肥用于无公害蔬菜，坚持大力发展优质有机肥如腐熟的饼肥、绿肥、农作物秸秆、生物肥、除臭无害化的猪粪、鸡粪等，促进我国无公害蔬菜生产健康发展，确保其产品达到AA级绿色食品标准。
