肥料是蔬菜的“粮食”，除去碳、氢、氧之外的13种营养元素均由土壤所供给，而施基肥是补给土壤营养的重要措施。目前在蔬菜上应用的肥料种类大体分为有机肥（农家肥）、无机肥（化肥）和微生物肥料（生物菌肥）三大类，合理搭配这三种不同性质的肥料是蔬菜高产的基础。
一是底肥中有机肥要施足。粪肥作为底肥施用是由于粪肥是一种有机肥料，富含丰富的养分，改土作用明显，充足的有机肥是种菜的第一需求。
注意粪肥一定要做到完全腐熟。目前一亩地粪肥的用量为：大棚瓜菜类20至30方，茄果类蔬菜10至15方，豆类6至10方。
二是配合施用速效无机肥（化肥），以满足蔬菜生长前期的生长需要。特别强调中微量元素补充，如铁、锌、钙、硼、镁等元素，如果缺乏，蔬菜易出现缺素症状。增施化肥能显著提高前期产量，主要表现为培育壮棵，花芽分化好，开花坐果能力强。
目前以使用氮磷钾复合肥居多，一般一亩地瓜菜类如黄瓜、西葫芦等需要100~150公斤，茄果类蔬菜如西红柿、辣椒、茄子需要75~100公斤，豆类需要50~75公斤。
中量元素以硝酸钙的施用量较多，瓜菜类及果菜类一亩地施用量50公斤左右，豆类或叶菜类20~30公斤。硫酸镁的用量一般为一亩地20~30公斤。
微量元素，一般亩施硼砂1~2公斤，硫酸锌2~3公斤。豆类蔬菜底施钼酸铵1~2公斤。
三是农家肥和化肥配合施用好，再加上生物菌肥效果更好。近几年，受重茬、连作等因素影响，各种病原菌在土壤中富集，导致土传病害加剧，萎蔫、死棵等现象发生普遍。生物菌肥，内含大量对蔬菜作物有益的微生物。通过沟施或穴施后，一方面有益微生物通过大量繁殖，能迅速在蔬菜根际周围建立有益优势菌群，起到预防根部病害的作用；另一方面有益菌既能促进土壤有机质的分解和提高化肥肥效，又能产生次生代谢物刺激根系生长。
底肥施用指导意见（一亩地用量）：腐熟鸡粪15~20方，优质硫酸钾复合肥100~150公斤，矿物元素增效剂25公斤，硫酸锌2~3公斤，硼砂1~2公斤。另外撒施多菌灵3公斤，地虫扫光3公斤。
