秋冬季大棚温室栽培番茄多选用抗性较强的中晚熟品种，此类品种多为无限生长型，若不进行适当的整枝处理，可能会引起各种病虫害，严重影响后期的果实生长发育，造成减产。
1.单干整枝法。以主干为主，留主干上的花穗结果实，花穗下其余的侧枝摘除，根据实际情况留够花穗后摘顶。此类方法侧枝少，适合密植。
2.连续摘心整枝。在主干上留2-3穗果，最后一花穗长出后，留2片叶摘心。第2穗果长大后，选留第一花穗下的一侧枝。将该侧枝按照以上方法作为主干留果，同样留2-3花穗后，留2叶摘心，之后再留侧枝，按照相同方法进行。
3.多次换头整枝。开始以主干枝为主，第三花穗长出后，留2片叶摘心。根据下部侧枝生长情况，选择2条健壮侧枝，其余全部抹除。待侧枝长出2-3花穗后，留2片叶摘心，并再选择2条健壮侧枝，按照前面的方法，反复进行。
此三类方法各有利弊，单干整枝法可用于密植，侧枝少营养消耗少，果实成熟好，长势快，前期产量高，但是后期采收量较慢；多次换头整枝法种植密度要稀，前期侧枝生长，营养消耗大，初期产量少，后期侧枝长成后，采收量大，因为要不断整枝、缠蔓工作量相应大；连续摘心整枝法相对较为适中。种植户可根据实际条件，选择不同的整枝方法，值得注意的是前期不要大量剪除叶片，结果盛期后，可剪除下部的黄、老叶。
