1、西瓜种植田块应与非葫芦科作物进行三年以上轮作，能大大减少土壤中病菌源。并加强检疫、不用病区种子，发现病种应当就地销毁。选用优良早熟品种种植，下种前需用消毒剂充分浸泡脱毒处理，以避免种子带菌传播。
2、加强田间管理，种植西瓜可采用塑料薄膜双层覆盖的方式栽培。在西瓜幼瓜期应适当多浇水、果实进入膨大期及成瓜后宜少浇或不浇，争取高温雨季到来前采收完毕，避过发病期。
3、对于发病较重的田块和地区，在进入雨季时应加强病情的检视力度，及时在黑斑病发病前使用针对性药剂与新高脂膜混合喷施防治，以多倍提高防治效果、降低农药残留。喷药防治时需根据西瓜受害情况酌情连喷2-3次，可巩固防治效果、保护西瓜健康成长。
