小辣椒种子在播种前进行种子消毒，可以杀死附着在种子表面和潜伏在种子内部的各种病菌，减轻猝倒病、立枯病、病毒病、炭疽病等病害的发生。
小辣椒常用的种子消毒方法有：
一、温汤浸种是目前辣椒种子最常用的一种消毒方法，即把种子放入55℃的温水中，浸泡10—15分钟，浸泡时也浸也搅拌，使种子表面受热均匀，直到水温不烫手停止搅拌，然后浸种催芽。
二、高温灭菌即将干燥的种子放入烘箱内，在70—73℃的恒温下烧烤3昼夜，几乎可杀死附着在种子上的全部病菌，而且不会降低种子发芽率。
三、药剂处理用10%磷酸三钠水溶液浸种20
—30分钟，用清水冲洗后再进行浸种催芽，可防治小辣椒病毒病。
小辣椒种子的消毒注意事项：
一是药液浸种前，应先将种子在温水中浸泡一定时间，使附着在种子表面的病菌萌动，以提高杀菌效果。
二是用药液处理种子时，水温应保持在25—30℃，能更好地发挥药效。
三是冲洗药液时，应该用温水，以便冲掉种子上的药液。
