水稻种子携带多种病菌，首先要对种子带菌率进行测定，以制定相应的药剂处理措施，选用药剂及浸种消毒措施。常用方法有以下几种：
1、咪鲜胺（使百克）乳油浸种：将谷种浸泡于25%咪鲜胺（使百克）乳油2500—3000倍稀释液36—48小时，浸后可直接进行催芽播种。以减轻恶苗病等病害的发生。
2、甲霜·噁霉灵（广枯灵）浸种：用3%甲霜·噁霉灵（广枯灵）水剂1500倍药液浸种12小时，捞起洗净催芽。
3、三氯异氰尿酸（强氯精）浸种：将谷种用清水预浸吸水（早稻常规预浸24小时，杂交稻预浸12小时），捞起搁干水分后，再浸入40%三氯异氰尿酸（强氯精）可湿性粉剂300—500倍稀释液中，消毒24小时，然后用清水冲洗干净即可催芽播种，以减轻细菌性条斑病、稻瘟病、恶苗病、稻曲病、胡麻斑病、粒黑粉病等病害的发生。
4、用50%多菌灵500倍药液浸种48—60小时，洗净药液后催芽，可兼治恶苗病、稻曲病、粒黑粉病等病害。
