棉花生理病害是由不适宜的生态环境所引起的非侵染性病害的总称，各产棉区都有发生，常发生的棉花生理病害主要有三类：一是由肥水失调等综合因素引起的棉花红(黄)叶枯病，俗称红叶茎枯病；二是典型的缺素症；还有一种是由药害引起的畸形症。生理病害的种类很多，要控制其发生，首先查明病因。掌握若是缺素症则根据缺什么补什么的原则，对症处理；若是药害，则通过调节剂种类、严格按照操作规程处理，即可通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。若是红（黄）叶枯病，因病因比较复杂，则主要通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。
综防要点，改良土壤。深耕，实行轮作，棉花与苜蓿轮作、稻棉轮作等，不仅可以改善土壤结构状况，还可减轻病害发生。
平衡施肥。科学合理施肥，注重肥的摄入量，施足底肥、轻施苗肥、巧施蕾肥、重施花铃肥、补施盖顶肥，氮磷钾合理配合施用。缺钾棉田还应在发病初期喷施氯化钾、硫酸钾或硝酸钾。喷施尿素+新高脂膜，可减轻病害发生。地膜棉田注意花铃肥的施用，避免后期出现早衰。
田间管理。棉田应精耕细作，及时中耕，及时灌水，严禁大水漫灌，多雨季节注意排水，预防病害发生。
