一、在菌核病严重的田块，应实行水旱轮作或与禾本科作物轮作，避免与茄果类或十字花科蔬菜连作。
二、在夏季土地休闲时，深翻土地10厘米左右，翻后灌水，然后覆盖地膜。深翻可将菌核埋入土层深处，使其不能抽生子囊盘或子囊盘不能出土。灌水覆膜，可使菌核经过高温水泡，从而使土壤中菌核腐烂，失去萌发能力。该方法特别适用于每年发病重、土壤中菌核数量多的地区。
三、茄子种子用52℃温水浸种30分钟，杀死菌核。用种子重量的0.3%-0.5%加入多菌灵可湿性粉剂或50%腐霉利可湿性粉剂拌种。
四、清理病株及时拔掉病株或剪下病枝、打去病叶、疏掉病花烂果，带出田外集中深埋，切忌随处乱扔，以免重复侵染为害。
