一是控制浇水。软腐病是细菌性病害，能够随水流进行传播，当棚内湿度大时蔓延速度很快，因此菜农在浇水时只要水流能够流到另一头即可，而不应采用大水漫灌的浇水方法，防止浇水过多，水流接触叶片，导致病害传播。
二是清理下部老叶。因为生菜生长较快，下部老叶较大，并且大都贴在了地面之上，导致生菜底部的空气流通性差，极容易感染细菌性病害。因此，菜农可以将生菜下部贴在地面上的老叶全部疏除，增强生菜底部的通风透光性，从而减少细菌的侵染。同时，对于发病严重的植株，菜农应将整株进行清除，将病株周围的土壤使用石灰或铜制剂进行杀菌，并将土培高，防治病菌随水传播。
三是药剂防治。因生菜对铜制剂比较敏感，所以菜农在用铜制剂防治细菌性软腐病时一定要减量使用，如可用DT800-1000倍或噻菌铜800倍等。另外，也可用72%农用链霉素3000倍液或25%叶枯唑500倍液进行喷治，这二类药物内吸性强，更有利于软腐病的预防和防治。