基肥应以农家自积的肥料为主，就一般土壤肥力水平来说，基肥施用数量约占用肥量（氮素）的60%～70%为宜。基肥最好结合秋冬耕地深翻到底层土壤里。冬耕翻施大量的有机肥料，不仅能供给棉花生长发育所需的各种营养物质，而且还能在肥料腐熟过程中，促进土壤熟化，改善土壤理化性状，既能减轻沙性土壤的渗透性，又能改变粘性土的紧实性。两熟棉田增施基肥，一般在早春结合冬作物施肥，在前作行间松土开沟深施。因为这时苗小，施肥不会损伤苗和根，便于用犁开沟深施。化学肥也可做基肥施用，如磷肥和钾肥一般与有机肥料混合基施，可以提高肥料效果；氮素化肥如尿素、碳酸氢铵等也可做基肥深施，能充分发挥肥效，促进壮苗早发。
