用四倍体西瓜作母本，授以二倍体的花粉粒，结出三倍体的西瓜种子（存在于四倍体的子房发育成的西瓜中）。小面积制种，按照西瓜开花习性，在每天下午按时套袋（防止自由传粉）。第二天早晨进行人工授粉，同时挂上标记。大面积制种时则需要分区隔离，按一定比例培植四倍体母本和二倍体父本的植株，且要及时为母本去雄使四倍体植株接受二倍体父本植株的花粉，以产生三倍体种子备用。
以上是第一年的工作。在第二年，将三倍体种子与二倍体种子间种，自然或用人工的方法，让二倍体花粉刺激三倍体植株的子房发育成西瓜，即成三倍体无籽西瓜。在大田生产中三倍体种子也可以不与二倍体种子间种，而是只种三倍体种子。在其植株开花期间，用低浓度2.4-D喷洒在花蕾上，使子房发育成无籽西瓜果实。
