施肥对苹果的污染主要有两个途径：一是通过肥料中所含有的有毒有害物质，如重金属、病源微生物、毒气等直接对苹果或土壤的污染。二是通过施入大量的氮素肥料造成苹果树体内硝酸盐的过度积累。因此，无公害苹果生产中使用肥料的原则是必须使足够数量的有机质返回土壤，以保持增加土壤肥力及土壤生物活性，而且不会对环境和苹果树产生不良影响。
针对施肥对苹果树污染的两个途径，在施肥上应注意：
1．选用农家肥：商品肥料应首先选用商品有机肥、腐殖酸类肥料、微生物肥料、半有机肥料及含磷、钾、钙的无机肥料。
2．施肥原则：①重施有机肥（应充分腐熟）。②不施硝态氮肥。③因地施肥。肥力高，富含有机质的土壤易积累硝酸盐，应禁施或少施氮肥。土壤有机质含量低，缺肥的，可施氮肥和有机肥增肥地力。
