近年来，由于甘蔗种植的多样化、大量引种以及蔗区间相互调种，加之甘蔗生长周期长、长期连作、宿根栽培和无性繁殖，导致甘蔗黑穗病在我县发生日趋加重之态势，特别在旱地甘蔗及宿根蔗上更为严重。防治措施：
(1)种苗处理。2%~3%石灰水浸种24小时或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液浸种10分钟，有一定防治效果；若用50℃热水浸种2小时可彻底防除；
（2）选择无病或少病种苗。在热水处理的基础上建立无病苗圊，种植无病材料，或在田间选择无病的田块留种等方法可避免或减轻黑穗病的危害；
（3）清除田间侵染源。清除田间的病枯叶、残根、残茎、病宿根以及深翻土壤可以减少次年侵染危害蔗株的侵染源；
（4）加强田间管理。下种前施足基肥，适时灌溉，及时施肥培土，合理施用氮、磷、钾肥，促使蔗苗生长健壮，增强蔗株的抗病力；及时拔除病株，并集中烧毁、减少重复侵染源，控制扩展蔓延；
（5）轮作。重病区减少宿根年限，加强水稻、玉米、甘薯、花生黄豆、苜蓿等非感病作物轮作以避免病菌长期侵染危害甘蔗。