一、番茄脐腐病主要表现在果实顶端下陷、变黑，面积逐渐扩大，病菌侵入后果实即烂。产生这种生理病害的主要原因是土壤干旱，植株果实部位缺钙形成的，因此高温干旱时此病发生较多。栽培中应注意土壤不宜干旱，氮肥不宜施得过多，应多施有机肥，同时注意补充土壤中钙素的不足。
二、番茄畸形果主要发生在第一果穗，也有少数发生在第二果穗个别果实，主要是形成各种奇形怪状的多心皮果实。产生这种现象的原因是：育苗期温度低，氮肥用量过多，土壤湿度大，营养生长过旺，造成子房发育不正常。因此，育苗期白天温度应保持在20℃左右，夜间温度应控制在10℃以下，少施氮肥，不要过量灌溉，这样就可以克服畸形果的发生。
三、番茄筋条果即果肉组织维管束部位坏死变成暗黑色或果肉维管束变白成为白筋条果。黑筋条果多发生在光照弱，营养生长过盛，密植过度，氮肥施用过多，果实发育中代谢不正常。白筋条果则是由于缺钾，吸收氨态氮过多所造成的。实际上应注意大棚和温室的土壤排水，光照不足时温度不宜太高，白天应通风良好，不要过多施氮肥，要合理密植，适量施用钾肥和硼肥，最好用硝态氮肥，用量不宜过多。
四、果实着色不良番茄果实成熟时不呈红色而呈黄褐色，为果实着色不良。原因是光照弱，温度低，氮肥施用过多，果实的叶绿素分解酶活性低。解决的办法是不宜过度密植，少施氮肥，以防营养生长过旺，同时温度不宜太低。
五、网纹果果实表面可以看到果肉呈现网纹状，这种果实成熟迟缓。主要由于土壤干旱，根系不能很好地吸收磷、钾肥或磷、钾肥在植株体内移动困难，造成植株新陈代谢紊乱。因此，应注意适当灌水，防止土壤干旱。
六、空洞果番茄空洞果表现为果实的胎座组织生长不充实，果肉不饱满，表面有棱沟。主要原因是受精不良，种子退化，胎座组织发育不充实。氮肥施用过量，生长调节剂的使用浓度过大，果实迅速膨大期温度过高或过低，光照不足。防治方法：加强肥水管理，尤其注意采收后期的肥水供应。应随温度的变化合理使用生长调节剂，并正确掌握使用浓度和时期。
七、落花落果主要原因：一是花芽分化期，肥料不足，夜温高，昼夜温差小，干旱或水分过大，日照不足造成花的质量差，花柱扭曲，花柱短小，无柱头，子房畸形等生理缺陷造成落花落果;二是在开花期，光照不足，夜温高，温湿调控大起大落，肥水不足或大肥大水造成落花落果。防治方法：培育壮苗，加强温湿度调控，及时适量给肥水，合理控制夜温。用15~20mg的2,4-D或30~40mg番茄灵蘸花。
