为了确保草莓品质，有效避免病虫害，草莓拉秧之后要进行消毒处理。针对新箱式栽培模式，特介绍一下具体消毒过程：
1、去根。剪掉地上部分后浇大水、覆膜，保持棚温40℃以上封棚10天左右，之后去除基质中的大根。注意：在覆膜、封棚过程中大多数须根均会腐烂，因此能有效减少劳力，节省人力成本。
2、基质消毒。将箱子中的基质翻倒到垄间，用广谱性杀菌剂搅拌，后大水冲洗。一方面消毒基质，减少病虫害发生，另一方面清洗基质中过多的养分，避免造成单盐毒害。
3、土壤消毒。将箱内土壤翻倒，阳光暴晒3天。由于草莓根系生长在基质中，因此箱式栽培模式中对土壤消毒不严格。
4、基质回填。
（1）注意基质的用量。由于发酵、消毒等原因基质会消耗一部分，因此基质回填时要根据基质的现有量加以补充。
（2）注意基质颗粒大小。基质在使用过程中易造成颗粒磨损，导致基质过细。因此基质回填过程中要根据基质磨损情况适当加入草炭或珍珠岩，以增加基质的透气性。
