温室大棚芹菜主病害有斑枯病、叶斑病、疫病、软腐病等，主要由于温度高昼夜温差大，空气湿度过大造成，尽量采用物理防治，少用或不用农药，可大大提高芹菜品质。
1、轮作：采取2-3年轮作，可减少病原物积累，减轻病害的发生。
2、种子处理：用48℃的温水浸泡种子1-2h，可杀死附着于种子上的斑枯病和叶斑病病菌，在浸种时应不断搅拌使种子受热均匀，浸种后再用清水淘洗晾干后播种。若有菌核可用10%盐水漂除，温汤浸种须加大用种量的10%-20%。
3、控温控湿。高温高湿是芹菜病害发生的重要条件，温室芹菜入冬后白天温度控制在15-20℃，夜间温度控制在8℃以上。温度偏高时要适当放风，偏低时夜间要盖保温被，浇水时间应选在晴天上午进行，浇水后有降温进行防风排湿防止湿度过大。阴天和低温天气要避免浇水。