一、注意选用适合当地栽培的抗病高产良种。
二、番茄种子在播种前用55℃温水浸种20分钟，杀灭种子上的细菌。
三、避免植地连作，收获后及早清理病残物，烧毁和深翻晒土，整治排灌系统，高畦深沟。有条件的地方，结合防治绵疫病、晚疫病等病害，推行地膜覆盖栽培。
四、加强农业栽培生态管理技术措施，在晴天及时修整枝、叶，改善通风透光，调节湿度，并且及时剪除残存的果柄。加强大棚番茄的肥水管理技术，减少植株的生理开裂伤口等。
五、在番茄软腐病发病初期及时喷洒药剂防治，药剂可用：50%消菌灵1500倍、或47%加瑞农800倍、或20%噻菌酮500倍、或20%的噻菌铜悬浮剂17-30克/亩、或72%的硫酸链霉素可溶粉剂10-40克/亩等，隔7天1次，连续3次，防治效果可达80%以上，有效地控制病害发生流行。
