棚室辣椒常会出现表面凹凸不平的果实，这样的辣椒上市后不好销售，菜农的收益也会因此大打折扣。以下原因均会导致这种现象发生，菜农应对症施治。
病毒病辣椒植株发生病毒病后，可能导致果面凹凸不平，但一般会带有浅褐色的条纹。病毒病一般不突然暴发，常呈逐渐增多的态势。对于棚内已经表现病毒病症状的，可喷2%宁南霉素水剂500倍液等药剂进行控制，并喷施爱多收6000倍液促进辣椒生长。同时严防棚内白粉虱、蚜虫等刺吸式口器昆虫传毒，用专杀型烟剂熏烟防治效果较好。
药害药害包括两类，一是喷药过度引起的，二是激素施用过多造成的。生产中，喷药防病或喷激素调控植株的长势是不可少的，由于辣椒在生长过程中（尤其是膨果前期）组织幼嫩，受到高浓度药物及激素的刺激时，果实表面就会出现凹凸不平的症状。因此，药剂及激素的施用一定要科学，切忌盲目用药及重复用药。
生理性病害当植株衰弱、营养不足或温度不适宜时，将会影响花芽分化的进行，产生畸形果，引发僵果不长，果内无子。果实内缺乏种子会使果面略下凹，但一般无褐色条纹。应注意调节植株长势及棚内环境，补施硼肥，保证花芽分化的顺利进行。
