在黑木耳菌丝培养期间，对周围环境要求较高。在湿度较高的情况下，菌袋里的营养料含有水分，很容易发生线虫病，导致营养料中的菌棒腐烂。所以就要采取一些措施来避免线虫病的发生：
1、防止原料中带有线虫，切断传染源菌袋里有线虫，很大一部分原因是由原料带过来的，菌丝生长需要培养料提供营养，而培养料是由各种原材料配制而成。很多树木或秸秆中都会含有线虫，在加工之前，先要将这些原材料中的水分晒干，再拿到封闭的房屋里进行熏蒸消毒，之后再加工成培养料，就可以杀灭一些线虫。
在拌料时，要控制好水分，不能让培养料含水量太高，保持适中的状态，既有利于菌丝生长，也可以避免发生线虫病。
2、防止菌袋消毒不彻底，造成污染菌袋要进行彻底消毒，这是防止虫害发生的重要措施。菌袋在培养之前，要用专业的灭菌锅进行消毒，加热的时候，尽量要早点让锅内温度升起来，锅内菌袋放得比较密集，以免发生杂菌感染。每种原材料制作的培养料，高温消毒的时间不一样，时间过长，会使培养料中的营养挥发；时间过短，达不到彻底消毒的作用。一般灭菌设备的操作说明都有规定时间，消毒时就要达到合理的时间。
3、防止耳棚通风不良，将菌袋拿到室外催芽栽培黑木耳时，可以在林间或地块做一个耳床，在室外进行催芽，避免在耳棚内因通风不畅而发生线虫危害。先在耳床上盖一层有孔的薄膜，也可以用稻草代替，防止浇水时地面的泥溅到菌袋上。如果外面温度较低，还要用一块大的薄膜将菌床四周围起来，使床内温度达到20℃～25℃，湿度达到70%～80%。经20～25天后，菌袋上就会长出耳基，这时就可以把耳床的薄膜撤掉，让菌袋在自然环境下有足够的光照，改善通风条件以后，菌袋里面营养料潮湿的问题得以解决，就可以避免发生线虫危害。
4、防止管理不当，让线虫有可乘之机培养料在装袋之前，可以先取一些料经过化验检查，确定一下里面是否含有线虫，虽然这个方式有些麻烦，但可以提前预防，比培养料装袋以后发现虫害再来处理好得多。菌袋灭菌是最后一道防线，种植户要重视起来，即使是花一些成本，也要做好彻底消毒的工作。
菌袋接种是个复杂的过程，除需一定的技术外，也要做好相关的准备工作，接种要经过严格的消毒措施，达到无菌的要求，工作台要用酒精擦洗干净，包括要用到的工具也要进行消毒。接种完成以后，要及时用胶布将接种位置密封，以免里面的培养料造成污染。在培养菌袋期间，定期观察培养料是否受到线虫污染。对于线虫虫害比较严重的场地，可以采取耳菜轮作的方式，以降低发病率。
黑木耳线虫病，除了加强预防措施外，也可以采取药物进行防治：
线虫为害菌袋以后，里面含有较多水分，土壤能够吸收水分，往往土壤中也会有虫卵，在用药物防治时，栽培地块的土壤也要一起喷洒。当线虫造成流耳时，首先要进行清洗，再用1%～2%的食盐水进行喷洒，并在地里撒一些生石灰，控制线虫进一步蔓延，之后再用磷化铝对耳棚进行熏蒸消毒。
