因为脐橙花量大，通常坐果率只有1%~2%，大量花果脱落，落花落果是从花蕾期开始，一般延续至采收前。根据脐橙花果脱落时的发育程度，整个落花落果期，可分为4个主要阶段，即落蕾落花期、第一次生理落果期、第二次生理落果期和采前落果。
脐橙落蕾落花期从花蕾期开始，一直延续到谢花期，持续15天左右。通常在盛花期后2~4天，进入落蕾落花期。盛花期后1周，为落蕾落花高峰期。
谢花后10~15天，往往子房不膨大或膨大后就变黄脱落，出现第一次落果高峰，即在果柄的基部断离，幼果带果柄落下，亦称第一次生理落果，持续1个月左右。第一次生理落果结束后10~20天，在子房和蜜盘连接处断离，幼果不带果柄脱落，出现第二次落果高峰，亦称第二次生理落果，一直延续至6月底结束。
脐橙第一次落果比第二次严重，一般脐橙第一次生理落果比第二次生理落果多10倍。脐橙生理落果结束后，在果实成熟前还会出现一次自然落果高峰，称为采前落果。通常在8~9月份产生落果，自然落果率达10%，如遇久旱降雨或雨水过多或施磷肥过多，落果率还会增加，有的高达20%。
