1、根：香蕉根系属须根系，无主根，由不定根和根毛组成。可分为水平根系和垂直根系，水平根系是吸收养分和水分的主要器官，由球茎外侧向四周平行延伸；垂直根系着生于球茎底部，向下垂直，根量较少，深度可达2~3米，对固定植株有很大作用。在滴灌条件下，香蕉根系分布有一定的规律性，即滴灌带下根系主要集中在0~30厘米土层，30厘米以下根系分布较少；在垄底无滴灌带一侧，根系通常分布在更下面一些的位置，这可能是与根系对水分和养分具有趋向性有关。
2、球茎：香蕉球茎实际上是香蕉真正的茎，专业上称其为地下茎，根、叶、吸芽和花序均分生于此。香蕉的球茎是积累和贮存养分的器官。球茎中心的生长点非常重要，关系到叶片的抽生和蕉蕾的发育。冬季香蕉易受寒害，在香蕉叶片受到严重伤害时，只要生长点未坏死，割去废叶后，香蕉仍能继续生长。香蕉球茎生命力旺盛，可持续存活多年，生产上为了给继代宿根蕉腾出空间，应该在适当的时候除去残留球茎。
