利用害虫习性进行防治(1)对菌蚊可用人工捕捉；(2)将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒1-2小时或撒上石灰粉，可有效杀灭瘿蚊。
诱杀:(1)蚊蛾可用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在灯下的水盆中放入0.1%的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死；(2)在强灯光处放置涂有40%聚丙烯的粘虫板可诱杀粘虫。
曲霉的防治:(1)及时清除废料；(2)瓶装料时料不能与棉塞相接触，装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，保持棉塞清洁；(3)食用菌采收完后施用5ppm的多菌灵。
绿霉的防治:(1)降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬传播；(2)取生石灰９份、多菌灵１份、水适量拌匀，涂刷霉菌处；(3)生料栽培时，每100公斤干料中添加克霉灵100克，可彻底防止霉菌滋生；(4)在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水；(5)用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水，补上新料；(6)在霉菌处涂95%的酒精或煤油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
细菌的防治:(1)培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求；(2)培养基做好后，在30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染培养基；(3)培养基内可加入抗生素，一般以每毫升100－200单位为宜.
