防治策略是利用抗病和耐病品种，加强耕作栽培措施，作好种子及土壤药剂处理的综合防治措施
①利用抗、耐病品种尽管大豆疫霉根腐病生理小种很多，新小种出现较快，利用抗病品种仍然是最有效的防治手段。最好使用对当地小种抵抗的品种。此外，应不断针对小种变化情况更换抗病品种，以免被新小种侵染。要积极利用耐病品种，由于它们由多基因控制，不易丧失抗性。还可把抗性基因转到有耐病遗传背景的品种中，即可有效防治病害，又可保持抗性的持久性。
②耕作栽培措施早播、少耕、免耕、窄行、除草剂使用增加、连作和一切降低土壤排水性、通透性的措施都将加重大豆疫霉根腐病的发生和危害。做到适期播种，保证播种质量，合理密植，宽行种植，及时中耕增加植株通风透光是防治病害发生的关健措施。
③药剂防治利用瑞毒霉+新高脂膜进行种子处理可控制早期发病，但对后期无效。利用瑞毒霉进行土壤处理防治效果较好，有沟施、带施或撒施。用量0.28~1.12kg/hm2，根据品种耐病程度决定用量，一般耐病性好的比耐病性差的品种用量要少。目前还没发现大豆疫霉抗瑞毒霉的报道，在美国俄亥俄州连续使用了8年尚未发现抗药性。
④加强检疫因病菌可随种子远距离传播，各地要做好种子调运的检疫工作。
