一、选用抗病品种，如新台糖1号、9号、10号、16号、25号等品种等。
二、选择无病或少病蔗种苗，用52℃热水浸种18-30分钟或50℃热水浸种30分钟至2小时，对防治黑穗病效果好。
三、合理轮作，减少宿桩年限，黑穗病在宿桩上感染较重，新植蔗感染较轻；加强田间管理，及时施肥培土，增强抗病能力；新植蔗种植时，用生石灰水浸泡蔗种2小时左右，可以有效预防黑穗病。
四、用热水加药剂浸蔗种，杀菌效果好，药剂可用25%三唑酮可湿性粉剂500倍液，或50%克菌丹可湿性粉剂500倍液，或80%喷克可湿性粉剂500倍液。
五、在蔗田间发现黑穗时，先用塑料袋套包住黑穗，并捆缚好，然后把黑穗割除，这样黑粉不会松开散粉侵染。见一株处理一，不可余漏，割除的黑穗要集中烧毁。黑穗切勿随意丢放和喂牛，避免随风飞流，二次感染传播。
