稻瘟病、水稻二化螟、稻粒黑粉病、稻飞虱、稻蓟马、纹枯病是杂交制种水稻的主要病虫害。其中：稻瘟病、二化螟、稻粒黑粉病危害重，防治难度大，防治技术性强。若防治上稍有闪失，损失十分严重。总结近4年杂交制种水稻病虫防治的经验，提出如下制种水稻病虫综合防治技术。
一、实施浸种技术，减轻秧田病害发生用25%使百克2000倍液浸种24小时，可有效预防或减轻稻瘟病、恶苗病、立枯病等病害的发生。
二、秧田期病虫防治方法秧田期主要防治烂秧，稻蓟马、一代化螟、稻瘟病等病虫。
1、防治烂秧死苗的方法。在发病初期或寒潮到来前用95%绿亨1号5克加万佳丰8毫升，兑水15公斤喷雾，防治效果好。
2、稻蓟马防治方法。当秧苗叶尖初卷时，用20%百福灵4克，兑水12公斤喷雾。
3、一代螟虫防治方法。在5月20日－25日，用30%植求40毫升，兑水15公斤手动喷雾。
4、秧田期叶瘟防治方法。在4月下旬或发病初期，用40%特瘟杀40毫升兑水10公斤手动喷雾，在秧苗移栽前3天，用75%瘟福20克，兑水15公斤手动喷雾。
三、本田期病虫防治方法
1、稻瘟病防治方法。在叶瘟发生初期，亩用40%特瘟杀85毫升加75%瘟福20克，在破口初期和齐穗期，亩用40%特瘟杀85毫升加75%瘟福20克，兑水40－45公斤手动喷雾，或兑水10公斤机动喷雾。
2、水稻螟虫防治方法。在5月25日至6月5日或移栽后5天，亩用80%锐劲特2克加30%植求50毫升，兑水30公斤手动喷雾。在水稻破口初期，亩用30%植求100毫升，兑水40—45公斤手动喷雾。
3、纹枯病防治方法。在7月上、中旬或破口初期，亩用20%井岗霉素粉45克，兑水40－45公斤手动喷雾，或兑水10公斤机动喷雾。
4、稻飞虱防治方法。在7月上、中旬或水稻破口期，亩用20%百福灵12克兑水45公斤手动喷雾，或兑水10公斤机动喷雾。
四、稻田杂草防除方法在秧苗移栽大田后5－7天，亩用53%抛秧星30克加苄磺隆15克，拌细土15公斤撒施，施药后保持浅水层3－5天。
