一、症状区别
1、发生时期不同。玉米丝黑穗病一般到穗期出现典型症状；而玉米黑粉病在玉米整个生长期都可能发生。
2、受害部位不同。玉米丝黑穗病主要为害部位是雄穗和雌穗，抽雄时症状最明显；而玉米黑粉病在玉米植株的地上部位均可发病。
3、主要症状不同
玉米丝黑穗病。雌穗受害除苞叶外，整个果穗变成一个大黑粉包，苞叶通常不易破裂，黑粉不外露，后期有些苞叶破裂散出黑粉。黑粉一般粘结成块，不易飞散，内部夹杂丝状寄主维管束组织。雄穗受害多数仍保持原来的穗形，仅个别小穗变成黑粉包，黑粉粘结成块，不易飞散，黑粉间有丝状物。
玉米黑粉病。由于病菌刺激，受害部位形成肿瘤。肿瘤初期呈白色，有光泽，肉质多汁，以后肿瘤迅速膨大，表面呈暗褐色，内部变黑。肿瘤成熟后，外膜破裂，散出大量黑粉(冬孢子)。
二、侵染循环的区别。玉米丝黑穗病菌通过家畜消化道仍能保持生命力；而黑粉病病菌通过消化道排出后便失去了发芽力。丝黑穗病苗期侵入系统生成病害，无再侵染；黑粉病则是一种典型的局部侵染病害，病瘤内产生大量的冬孢子，随风、雨传播，可进行再侵染。
三、发病条件的区别在发病条件中两种病害最大的差异在于最易感病的时期不同。玉米丝黑穗病在播种至出苗前对环境最敏感（病菌侵染最适时期是从种子破口露出白尖到幼芽生长至1～1.5厘米时）；而玉米黑粉病在抽雄前后对环境敏感最易感病。
四、防治措施：
玉米丝黑穗病的防治以种子处理为主；玉米黑粉病的防治则以减少菌源、种植抗病品种为主。
