由于蔓枯病属系统性病害，一旦发生很难防治，因此，主要应采取预防为主，综合防治的措施。
（1）严格检疫，减少传播机会，控制病害发生范围，凡检疫手续不全的种子不推广使用。
（2）进行种子消毒。用55℃的水烫种20分钟，然后用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种30~40分钟，捞出洗净，摧芽播种。
（3）用无病土育苗。营养土选用3年以上未种过瓜类蔬菜的菜园土，每平方米苗床土加70%甲基托布津或50%多菌灵可湿性粉剂100克拌匀消毒后装钵，每平方米苗床用20克30%的苗菌敌加干细沙土15千克拌匀后，播种前用1/3作垫土，其余2/3作覆土。
（4）栽培防治。进行轮作换茬，减少病菌积累；实行高畦栽培，膜下灌水，禁止大水漫灌；合理密植并及时整枝打杈，摘除底部老叶；选用全无滴棚膜，以利于通风透光，减少湿度，发现病株立即防治。
（5）药剂防治。定植前每667平方米（1亩）用50%敌克松、多菌灵、福美双或64%杀毒矾可湿性粉剂2~4千克，于翻地前喷洒地面，对土壤进行消毒，扣棚后用高锰酸钾和甲醛进行闭棚熏蒸灭菌。定植时用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液加500倍磷酸二氢钾溶液灌根，每株0.5千克。然后每7天喷1遍40%百可得可湿性粉剂1500倍液或20%万兴乳油700倍液。开花前用农抗120灌根1遍，同时，叶面喷施500倍天达2116或甲壳丰，以增强植病的抗病增产能力。当棚内有零星发病株时，用70%甲基托布津可湿性粉剂加适量坐瓜灵和淀粉调成糊状，先将病部用刀片刮去表皮，再涂抹患处，结合40%福星可湿性粉剂8000倍液进行全棚茎叶喷雾，5天1次，一般2~3次即能完全控制病情发展蔓延。
