为提高辣椒产量，在辣椒生长过程中，病虫害对辣椒的产量有着极大的影响，一旦辣椒在生长过程中遭受病虫害威胁，如果不采取有效的措施，幼苗在成长期就有可能死亡。必须采取有效的防治措施，确保辣椒的产量和质量。
一、对种子进行检疫
在进行辣椒栽培前，先对辣椒品种进行疫苗检查，发现种子有病虫害时要立即消除，防止带有病虫害的种子被种植。如可将种子用磷酸三钠进行浸泡，对种子进行消毒，浸泡时间不宜过长，一般10分钟左右，然后用清水洗净后再播种。
二、加强管理
在辣椒栽培过程中，为了降低病虫害的危害，种植户必须加强生长期间的管理，定期观察辣椒的成长情况，一旦发生问题要及时处理。
三、农业防治
农业防治就是综合运用一系列先进的农业技术措施，有目的地改变辣椒树生长的环境条件，进而创造出有利于辣椒树生长发育的而不利于害虫发生的环境条件，从而消除害虫的发生，确保辣椒产量。如轮作，正确的轮作可提高地力，给辣椒树生长创造良好的条件，降低害虫的生长条件。
四、几种常见的辣椒病虫害防治方法
1、炭疽病：用65%代森锌、疽杀或炭疽灵任选一种防治。
2、疮痂病：用可杀得或农用链霉素防治。
3、疫病：用64%杀毒矾可湿性粉剂30克或58%雷多米尔可湿性粉剂25克兑20公斤水喷雾，或用霜霉疫净、大生、丰米等防治。
4、病毒病：用20%病毒A或1.5%植病灵、毒青、毒圣、
病毒必克防治。
5、枯萎病：用枯萎必克浇根或用地菌消、多菌灵浇根。
6、青枯病：用农用链霉素、井岗霉素、青枯灵浇根。
7、猝倒病：用70%代森锰锌喷雾防治。
8、烟青虫：用1.8阿维菌素或5%抑太保乳油防治。
9、斑潜蝇：用1.8阿维菌素或0.5%印楝素乳油防治。
