番木瓜一般用种子繁殖，要使种子繁殖出的苗健壮，不出现不结果的植株，在留种上应把好以下四关。
一是选择优良的群体。优良群体是指在整个果园中，番木瓜的各个植株品种、高矮、花的性别和果的形状比较稳定，雄型两性株即开雄型两性花的植株较少，没有雄株即开雄花不结果的植株，没有花叶病植株或病株很少。如果发现有雄株，必须及时砍掉。发现有花叶病植株应马上砍掉并烧毁，防止花叶病传到其他的植株上。
二是选择优良的植株。即选择生长健壮、抗病性强，而且要耐湿、抗旱的植株。植株的节密，每片叶的叶腋都有开花，开花结果早，果实成熟早，果大，味甜。
三是在选择优良群体和优良单株的基础上，还要注意选择单株上的优质果来采集种子。果实发育必须正常，果形端正，不能采畸形果，也不能采没有成熟的果，或者是在树上未转黄而采下来后催熟或后熟的果。采果的最适时机是果实有三分之二以上变成黄色，采后放１—２天再取出种子。
四是种子取出以后，堆沤４—６天，目的是使包在种子外面的一层假种皮腐烂，洗干净后漂去不充实的种子，去除白色未成熟的种子，晾干即可以播种。
