在深冬季节，给大棚蔬菜施用肥料过勤，量过大，则会造成土壤板结，瓜菜烂根、沤根、植株萎蔫等，要想改变上述不良现象，就要改良土壤，施用菌肥。冬季给大棚蔬菜施用菌肥也要遵照下面这些原则。
一、根据田间实际状况施用对含硫高的土壤和水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌，对于水田一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二、根据温湿度情况施用施用菌肥的最佳温度是25℃-37℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。
三、不和其他农药混用注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草。若拌种，切忌用于已拌好杀菌剂的种子。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
四、与化肥混用时化肥用量不能过大高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
五、不要立即全部替代其他肥料对于多年来用化肥的田块，施用了生物菌肥后不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%。
六、提早施用生物菌肥不是速效肥，所以，要在蔬菜的营养临界期和大量吸收期前7-10天施用效果最佳。
七、不同种类的菌肥也不宜混用目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抑制作用还不是很清楚，若相互抑制，则会降低肥效。
