南瓜的茎为蔓性，有长蔓与短蔓之分。南瓜的茎蔓分主枝、侧枝及二级侧枝。一般主蔓长3~5米，有的品种蔓长达10米以上，少数有短缩了的丛生茎，一般茎蔓为空心，茎节上易生卷须，借以攀缘。多数南瓜品种分枝性较强，在栽培中需进行植株调整。茎中空表面有粗刚毛或软毛，具有明显或不明显的棱，茎的颜色多为绿、深绿及黑绿色。在南瓜匍匐茎节上，能发生不定根，可深入土中20~30厘米，起固定枝蔓并辅助吸收水分和营养的作用。
南瓜茎在肥、水条件适宜时，主茎上的叶腋容易抽出侧枝即子蔓，子蔓上再抽生的侧枝叫孙蔓。茎蔓的横断面呈圆形或五角形。
