苗期由于底施氮肥过多容易使幼苗旺长，形成高脚苗，因此芝麻苗期一般只用部分氮肥作底肥。在苗势很差或幼苗大小相差较大时，可先少量追施提苗肥，以稀释腐熟的人粪尿或尿素效果较好。因为此时芝麻根系较浅，施肥时应尽量浅施，结合追肥适时喷施新高脂膜800倍液防止病菌侵染，提高抗自然灾害能力，提高光合作用强度，保护幼苗茁壮成长。
现蕾期芝麻现蕾期正是花芽分化时期，芝麻营养生长和生殖生长同时并进，此时追肥效果最好。追肥应以氮肥为主，磷、钾肥为辅。在缺硼的地区应施用硼肥，同时喷施促花王3号促使植株顶梢营养回流，抑制主梢旺长，促进花芽分化。
开花期芝麻进入开花期生长最迅速，此期吸收的营养物质占整个生育期间的70%～80%。为了能满足植株生长发育的需要，使芝麻生长旺盛，积累更多的光合产物，增加花蒴的数量，后期稳长不早衰，必须重施花肥。施肥时以化肥较为方便，也可施用腐熟的饼肥、粪肥、厩肥等。并在芝麻孕穗期喷施壮穗灵能强化农作物生理机能，提高受粉、受精、灌浆质量，增加千粒重。
