洪涝灾害是指持续时间较长的大雨或暴雨，形成大范围的地表径流，冲毁蔗沟或在地势低洼、地形闭塞的地方造成蔗田积水，影响甘蔗正常生长的农业气候灾害。洪涝也是云南蔗区较常发生的灾害之一。云南蔗区洪涝多发生在雨季中期或后期，发生洪涝后，蔗田长期渍水，造成土壤缺氧和甘蔗植株缺氧，土壤缺氧后，根系呼吸受阻，呼吸能力减弱，并且土壤中有效养分释放缓慢，有机酸的积累增多，使根系受毒害。地上部分根点和芽则萌发气生根和侧芽。植株缺氧，破坏地上部分植株代谢，造成甘蔗产量下降和糖分下降，严重的则使植株死亡。
防洪涝的最好办法是：1.选用耐涝品种。2.地形平坦、地下水位较高的水浇地，在整地开种沟前，在田间四周要有环状排水沟，中间要有“十字”形，“丰”字形或“井”字形的主干排渠或支排渠，切断四周水源渗入，降低田间地下水位，种苗下种时深开蔗沟松土层浅下种，切断毛管水，减轻涝害。3.对地势低凹易受造成涝害的连片蔗区，要根据面积大小和地形设计兴修排灌系统。4.在旱地蔗区，对丘陵、台地或坡地，根据地形变化和坡度，开挖引水渠。在夏秋雨水集中且雨量大的蔗区，丘陵旱地采用等高线开挖深种植沟，并实行宽行宽幅种植，加大种植垄，有利于积蓄阻拦截雨水，减轻冲刷。
